1668년의 카리브해. 해골 깃발을 휘날리며 해적선 '모닝스타'호가 짙푸른 대양을 가로질러 간다. 선장은 윤기나는 갈색 머리의 미녀 모건 아담스(Morgan Adams: 지나 데이비스 분). 선장이었던 그녀의 아버지는 자신의 이복형이자 악명 높은 해적 선장 독 브라운(Dawg Brown: 프랑크 랑겔라 분)에게 목숨을 잃고 그녀에게 애지중지하던 모닝스타호와 머리 가죽에 새겨 두었던 보물 지도 한장을 물려준다. 모건은 아버지가 물려준 유일한 재산인 보물 지도의 내용을 해독하기 위해 라틴어를 할 줄 아는, 사기를 치다 노예로 팔려온 청년 윌리엄 쇼(William Shaw: 매튜 모딘 분)를 사들인다. 하지만 지상 곳곳에 나붙은 모건의 현상 수배 벽보와 음흉한 해군 제독은 보물 지도를 해독하기도 전에 그들의 귀찮은 장애물이 된다.
  핸섬한 사기꾼 쇼는 아버지에 대한 복수와 보물을 찾겠다는 욕망 하나로 바다와 자신의 선원들을 지키는 모건의 용기와 매력에 빠져 자신도 모르는 사이에 그녀의 포로가 된다. 모건과 함께 컷스로트 아일랜드를 찾아가는 험난한 여정에 동행한 쇼는 보물섬을 찾는 결정적인 단서가 될 또 하나의 지도를 훔쳐낸다. 전체 세 장으로 나뉘어 있는 보물 지도중 두 조각을 입수한 모닝스타호는 컷스로트 아일랜드를 향해 거침없이 노를 젓는다. 그러나 여선장 모건을 시기하던 스컬티(Scully: 지미 F. 스카그스 분)는 선상 반란을 일으키고 모닝 스타호는 또한차례 죽음의 곡예를 넘는다.
  더이상의 피를 부르지 않아야겠다는 생각에 모건은 단 한척의 구명 보트와 자신을 따르는 선원 몇명만을 데리고 파도 속으로 뛰어든다. 보물섬을 불과 몇마일 앞둔 모건과 선원들은 죽을 힘을 다해 폭풍을 뚫고 나아가지만 방향을 잃고 떠밀리다가 결국 암초에 부딪쳐 전복당하고 만다. 그러나 난파선 조각에 매달려 겨우 목숨을 건진 모건과 선원들을 맞은 컷스로트 아일랜드에는 죽음을 부르는 독 브라운과 수백 포의 군함을 거느리고 검은 손을 내미는 해군제독이 함께 기다리고 있는데.